Maria Macias, peneliti ICREA di IRB Barcelona dan pemimpin kelompok karakterisasi struktural kompleks makromolekul , dan Joan Massagué, direktur Pusat Kanker Sloan Kettering, telah menerbitkan ulasan dan aplikasi web tentang protein Smads dalam Trends in edisi Juni Ilmu Biokimia (TIBS), dari kelompok Sel.

Protein Smads membentuk keluarga faktor transkripsi yang mengirimkan sinyal yang diprakarsai oleh hormon TGF-Beta, yang penting dalam perkembangan embrio, regenerasi jaringan, dan fungsi sel yang benar. Selain fungsi-fungsi ini, protein Smads menarik perhatian besar karena perannya sebagai penekan tumor. Mutasi pada Smads membatasi kapasitas penekannya, sehingga terakumulasi dalam tumor: “Data terkini menunjukkan bahwa kanker seperti pankreas atau usus besar menunjukkan mutasi Smad2 dan 4 dengan frekuensi lebih dari 25%. Sebagian besar mutasi ini menyiratkan hilangnya fungsinya, yang dapat dikorelasikan dengan perubahan di wilayah interaksi dan dengan kerusakan pada struktur 3D ”, Macias menjelaskan.

Karya ini menggabungkan informasi yang tersedia tentang urutan Smads dan menganalisis bagaimana variasinya dapat memengaruhi struktur, regulasi, dan fungsinya. “Tujuannya adalah untuk memanfaatkan informasi yang tersedia berkat proyek sekuensing genom (apakah organisme, populasi manusia atau tumor) dan menggabungkannya dengan struktur protein yang tersedia. Untuk pertama kalinya kami memiliki urutan tidak hanya dari organisme model, tetapi juga dari beberapa yang misterius seperti placozoan; banyak vertebrata, termasuk primata Neanderthal dan saat ini; dan ribuan urutan dari populasi manusia, serta variasi dalam berbagai jenis tumor. Idenya adalah untuk mengetahui apakah ada pola umum perbedaan dan menganalisis kemungkinan pengaruhnya terhadap struktur dan fungsi, ”kata Macias.

Visualisasi 3D

Jumlah informasi yang dikumpulkan melalui berbagai database genom sedemikian rupa sehingga para ilmuwan memutuskan untuk membuat aplikasi web di mana urutan Smads dapat dengan mudah dibandingkan dan menunjukkan struktur protein dalam 3D dan variasi terkait penyakit mereka dan mempublikasikannya bersama dengan angka yang lebih konvensional dalam artikel. “Ide ini diterima dengan sangat baik oleh editor TIBS,” kata peneliti.

“ Konservasi Smads sepanjang evolusi luar biasa tinggi, yang menunjukkan bahwa mereka adalah bagian fundamental bagi kehidupan.” “Secara umum mereka bermutasi di banyak tumor jaringan yang sangat berbeda. Dengan ulasan ini dan aplikasi webnya, Anda dapat dengan mudah melihat di mana mutasi ini berada dalam struktur, ”jelas Macias.

Karya ini menawarkan foto struktural lengkap untuk berbagai jenis Smads dan berkontribusi untuk memvisualisasikan bagaimana mutasi memengaruhi struktur dan fungsi, yang dapat dimanfaatkan secara terapeutik di masa depan.

Sumber : http://biotech-spain.com/es/articles/revisi-n-3d-de-las-smads/