Menemukan obat yang digunakan dalam pengobatan penyakit virus lain yang melawan virus corona 2 (SARS-CoV-2) adalah tujuan dari proyek sains warga COVID-PHYM, yang dipromosikan oleh Dewan Tinggi untuk Riset Ilmiah (CSIC) dan Yayasan Ibercivis. Karena beberapa obat yang digunakan telah terbukti cukup aman untuk kesehatan manusia, obat tersebut dapat tersedia untuk mengobati pasien virus corona jauh lebih awal daripada senyawa yang baru dibuat dan dengan demikian mempercepat pengendalian pandemi.
Berdasarkan premis ini, kelompok Biofim dari Institute for the Structure of Matter of CSIC telah mengusulkan untuk melakukan simulasi interaksi obat yang digunakan untuk melawan Ebola, infeksi HIV, influenza atau hepatitis B dengan mesin replikasi genom Virus SARS-Co-V. Untuk melakukan ini, ini akan menggunakan teknik komputer dan bantuan komputer dari ribuan relawan yang terhubung melalui platform komputasi terdistribusi Ibercivis. Operasi ini akan menunjukkan jika ada molekul yang berhasil menghambat protein kunci dalam perbanyakan virus yang disebut ‘RNA polimerase yang bergantung pada RNA’. Jika demikian, obat tersebut akan menjadi kandidat yang cocok untuk diujicobakan dalam uji klinis dengan masyarakat.
Kunci untuk memblokir virus
“Memiliki obat yang efektif melawan virus corona sangat penting untuk mengurangi keparahan dan kematian penyakit,” jelas Javier Martínez de Salazar, pemimpin grup Biophym. “Protein yang dipilih sebagai target memainkan peran sentral dalam replikasi dan transkripsi materi genetik virus; jika dinetralkan bisa menghentikan penyebaran virus ke dalam tubuh dan membantu penyembuhan, ”tambahnya. Namun, dia memperingatkan, “mencari senyawa yang mampu menetralkan protein tertentu seperti mencoba sejumlah besar kunci untuk membuka kunci dan, ketika proses ini disimulasikan dengan alat komputer, proses ini membutuhkan daya komputasi yang besar.”
“Seperti kunci dalam gembok, efektivitas obat bergantung pada seberapa baik strukturnya beradaptasi dengan area di mana protein mengembangkan aktivitasnya,” tambahnya. “Ada model berbasis kimia-fisika yang dapat memprediksi kemanjuran senyawa melalui teknik komputasi – disebut in silico – sebelum diuji dalam uji klinis. Tetapi model ini melibatkan pelaksanaan ratusan ribu kalkulasi untuk mengukur kekuatan interaksi dari masing-masing kemungkinan asosiasi antara obat dan protein ”, Javier Ramos Díaz, salah satu peneliti dalam kelompok tersebut menjelaskan.
Superkomputer warga negara melawan pandemi
Komputer konvensional memerlukan waktu beberapa tahun untuk melakukan kalkulasi yang diperlukan untuk melakukan penyelidikan. Untuk alasan ini, proyek ini akan didukung oleh ribuan komputer pribadi yang merupakan bagian dari platform komputasi terdistribusi Ibercivis (‘Ibercivis BOINC’), yang dapat diikuti oleh siapa saja yang ingin berkolaborasi. Operasi akan dibagi menjadi paket-paket kecil yang akan dikirim ke setiap perangkat. Dengan cara ini, kapasitas kalkulasi yang serupa dengan superkomputer akan tercapai dan semua aktivitas proyek dapat dikembangkan.
Relawan hanya perlu mendownload program BOINC, aplikasi open source yang dikembangkan oleh University of Berkeley, dan bergabung dengan ‘Ibercivis BOINC’ pada saat instalasi. Dengan demikian, mereka dapat dengan mudah memilih kapan dan bagaimana untuk berpartisipasi. Misalnya, siapa pun yang tidak ingin kapasitas kalkulasi komputer mereka terpengaruh saat menggunakannya, mereka hanya perlu meninggalkan konfigurasi default sehingga program hanya berjalan selama waktu jeda, saat screensaver dipicu.
Saat BOINC diaktifkan, komputer akan menerima kumpulan data dan instruksi untuk menganalisisnya. Hasil yang diperoleh akan dikembalikan ke proyek untuk dipelajari oleh tim peneliti.
Dari pencarian kehidupan di luar bumi hingga perang melawan virus corona
Francisco Sanz, direktur eksekutif Ibercivis, menjelaskan bahwa “jauh dari eksperimen, komputasi terdistribusi adalah kenyataan bahwa dalam dua dekade terakhir telah memungkinkan pengembangan berbagai investigasi yang menuntut kapasitas pemrosesan yang besar. Program BOINC dibuat pada tahun 2002 untuk membantu proyek SETI menganalisis sejumlah besar sinyal radio dari luar angkasa dan menemukan tanda-tanda kehidupan di luar bumi. Sejak itu telah digunakan di berbagai bidang seperti fisika, matematika, klimatologi, dan astrofisika. Dengan kolaborasi sukarela dari semua orang, sekarang ini dapat menjadi satu alat lagi yang dapat digunakan untuk menemukan solusi yang membantu mengatasi krisis yang disebabkan oleh virus corona. “
Meskipun saat ini didedikasikan untuk mempromosikan semua jenis inisiatif sains warga, Yayasan Ibercivis berawal dari inisiatif komputasi terdistribusi pertama yang diluncurkan di Spanyol. Infrastrukturnya yang berbasis BOINC memiliki lebih dari 20.000 sukarelawan yang memberikan kekuatan komputasi komputer mereka dan telah mendukung lebih dari 15 proyek penelitian.
Institute of Biocomputation and Physics of Complex Systems (BIFI) dari University of Zaragoza, CSIC, CIEMAT dan RedIRIS telah berkolaborasi dalam platform ini. Tiga yang pertama adalah bagian dari Dewan Pengawas Yayasan, yang didirikan pada 2011, bersama dengan Kementerian Sains dan Inovasi, Yayasan Pengetahuan Kota Zaragoza, dan Pemerintah Aragon. Dalam proyek ini, Ibercivis bekerja sama dengan BOINC Channel dan Asosiasi Promosi Penelitian Ilmiah di Rumah.
Sumber : http://biotech-spain.com/es/articles/un-proyecto-de-ciencia-ciudadana-busca-f-rmacos-contra-el-coronavirus/
